BLAST is een computeralgoritme dat online beschikbaar is op de website van het National Center for Biotechnology Information (NCBI), evenals op vele andere sites. BLAST kan een opgevraagde DNA-sequentie snel uitlijnen en vergelijken met een database met sequenties, waardoor het een cruciaal hulpmiddel is in lopend genomisch onderzoek.
Is BLAST een primaire database?
BLAST is de meest gebruikte software in bioinformatica-onderzoek. De belangrijkste functie is om een reeks van interesse, de zoekreeks, te vergelijken met reeksen in een grote database BLAST rapporteert vervolgens de beste overeenkomsten, of "hits", gevonden in de database. Dit eenvoudige programma heeft twee primaire toepassingen.
Is NCBI een database?
De NCBI herbergt een reeks databases die relevant zijn voor biotechnologie en biogeneeskunde en is een belangrijke bron voor bioinformatica-instrumenten en -diensten. Belangrijke databases zijn onder meer GenBank voor DNA-sequenties en PubMed, een bibliografische database voor biomedische literatuur. Andere databases zijn de NCBI Epigenomics-database.
Wordt BLAST alleen gebruikt in NCBI-databases?
BLAST is beschikbaar op internet op de NCBI-website. Er zijn verschillende soorten BLAST's beschikbaar, afhankelijk van de queryreeksen en de doeldatabases.
Hoe werkt de BLAST-database?
Hoe werkt BLAST? BLAST identificeert homologe sequenties met behulp van een heuristische methode die aanvankelijk korte overeenkomsten tussen twee sequenties vindt; de methode houdt dus geen rekening met de gehele sequentieruimte. Na de eerste overeenkomst probeert BLAST lokale uitlijningen te starten vanaf deze eerste overeenkomsten.
